Мордовский университет является одним из крупных научных центров России, исследования ведутся по 28 отраслям наук, здесь сформирована современная система научно-исследовательских, инновационных и внедренческих структур.

Вуз является признанным центром подготовки научных и педагогических кадров для России: функционируют 14 докторских диссертационных совета по 27 специальностям. В аспирантуре университета ведется подготовка по 93 специальностям в рамках 18 отраслей, а в докторантуре по 18 специальностям в рамках 10 отраслей. Университет входит в состав 15 вузов России, которые готовят кадры для высших органов государственной власти страны.

Университетом обеспечивается многоканальность финансирования научных исследований. Среднегодовой объем финансирования научных исследований за последние три года - около 90 млн. руб. Вуз является лидером ряда государственных и 20 региональных научно-технических программ, что позволяет реализовывать полный инновационный цикл при создании научно-технических и образовательных продуктов. В рамках государственной поддержки молодых российских ученых Мордовским университетом выиграно 9 грантов Президента РФ в 2009 г. , 2008 г. - 16 грантов.

Укрепляется интеграция с ведущими исследовательскими центрами и научными школами России, расширяется сотрудничество с университетами: Англии, Германии, Венгрии, США, Швеции, Финляндии и ряда других стран мира через выполнение совместных проектов и программ. Например, активно работает Межрегиональный научный центр финно-угроведения. При университете работают 10 региональных отделений общественных российских и международных академий.

На базе Мордовского университета проводятся ежегодно 25 международных и российских научно-практических конференций, научных школ, семинаров. Ведущие научные коллективы вносят весомый вклад в получение новых естественнонаучных, гуманитарных и научно-технических знаний через подготовку монографий, учебников и учебных пособий для сту¬дентов и учащихся школ, сборников научных трудов, энциклопедической и другой литературы. Университетет выпускает 3 журнала российского значения «Интеграция образования», «Регионология», «Вестник Мордовского госуниверситета» и международный научный журнал «Финно-угорский мир».

Ежегодно научно-технические разработки университета экспонируются на выставках различного уровня, в том числе и международного. Значимость этих инновационных разработок отмечена, в последние три года значительным количеством наград (13 медалей, 73 диплома).

Университет, развивая инфраструктуру инновационной деятельности, активно включает в хозяйственный оборот объекты интеллектуальной собственности. Вуз является обладателем 127 патентов в области машиностроения, электротехники, энергетики, сельского хозяйства, биотехнологии, медицины и др.; ежегодно в Федеральный институт собственности направляется 40 заявок на объекты промышленной собственности.

На базе факультетов (институтов) университета ежегодно проводятся 5 Всероссийских студенческих олимпиад и конкурсов по специальности. По количеству медалей (6) и дипломов (25), полученных студентами на Всероссийском открытом конкурсе научных работ по естественным, техническим и гуманитарным наукам в 2009 г. Мордовский университет является лидером Приволжского Федерального округа (награды получены по 17 разделам науки).